Muro del coro

Este conjunto recoge principalmente algunos de los milagros de Santa Eulalia. A través de 16 escenas se nos hace patente el poder sanador de la Mártir. En el centro, la imagen de la Virgen del Carmen redimiendo a las ánimas del Purgatorio, en la parte superior las Puertas del Cielo flanqueadas por San Pedro y San Pablo

Muro del Evangelio

Se inicia el recorrido por este paramento con una serie de escenas de santos eremitas, algunas de ellas ocultas por el órgano (en la franja inferior, Santos Antonio y Pablo, ermitaños; eremita ante un crucifijo. En la parte superior, la comunión de San Simeón; Santa Otilia).

Tras el órgano, nos encontramos con las escenas que nos relatan la Vida, Pasión y Muerte de Cristo. En esta parte, en concreto, aparecen, en la franja inferior: Cristo despidiéndose de las Santas Mujeres, el Lavatorio de los pies y la Última Cena. En la franja superior: Ecce Homo; Jesús Nazareno con el Cirineo y la Verónica;. El Enclavamiento; el Calvario. A continuación aparece la puerta que está decorada ficticiamente con puntas de diamante en casetones. En el intradós del arco de dicha puerta, nos encontramos con dos ángeles que portan un cartel en el que se puede leer «Loor a Santa Eulalia», se acompaña esta decoración con los símbolos de Santa Eulalia, en una parte y el Evangelio, la Cruz y azucenas, en otra. En la base de este arco aparecen dos cartelas en las que se relata el momento histórico en el que Santa Eulalia sufrió el martirio. Sobre el arco de la puerta aparecen las escenas de: el Descendimiento; Santo Entierro; la Bajada al Limbo.

Tras superar el arco de la puerta nos encontramos, en la franja inferior: el Lavatorio de Pilatos; la Flagelación; la Coronación de Espinas; la Virgen con el Niño entregando rosarios a Santo Domingo de Guzmán y a Santa Catalina de Siena. En la franja superior de este sector, están representados: la Resurrección; la Aparición de Cristo a su Madre; y, El Buen Pastor. De este modo llegamos al retablo fingido de rasgos clasicistas con frontón quebrado y columnas pareadas. La imagen de San Francisco es actual.

Continúa este paramento con algunas escenas de la vida de San Francisco de Asís:

Escena 1ª
San Francisco en oración y la Virgen le coloca al niño en los brazos y al fondo San Francisco, subido en un asno, da limosna; Al estar el convento en llamas la oración de Santa Clara hace remitir las llamas.
 

Escena 2ª
Un serafín imprime la llagas a San Francisco y la estigmatización de San León. Se le aparecen a San Francisco en oración San Pedro y San Pablo y le entregan las llaves del Cielo.

Escena 3ª
Estando san Francisco a la muerte bendijo a todos sus frailes y cruzados los brazos se lanzó en tierra y su alma fue llevada a los Cielos en figura de estrella.
 
 

Escena 4ª
Al glorioso San Francisco por la intercesión de la Virgen María le concedió Jesús el Jubileo de la Porciúncula y le dio virtud para lanzar los demonios de los cuerpos de los endemoniados.
 

Tras estas escenas franciscanas aparece, para concluir este muro, una representación del apóstol Santiago en la mítica batalla de Clavijo.
En esta zona de la ermita se encuentra un retablo policromado y dorado, obra del siglo XVII, dedicado a la advocación del apóstol Santiago.

Arco toral

Este arco se abrió a finales del siglo XVII para ampliar la ermita y en él aparecen en los salmeres de ambos lados del muro dos santos mercedarios: San Pedro Nolasco en el del lado izquierdo y San Ramón Nonato en el lado derecho. Además se encuentran sobre fondo marmorizado los tondos con los bustos de Jesús y de María. En la parte central de este arco dos ángeles sostienen el escudo de Totana. Estos trabajos fueron realizados por el pintor Francisco Heredia.

La ermita se cierra con un artesonado de madera de estilo mudéjar realizado probablemente por carpinteros lorquinos, discípulos de Esteban Riberón que había realizado el de la iglesia parroquial de Santiago de Totana. Se trata de una armadura de par y nudillo en forma de artesa, con cinco tirantes calados y lazos de a ocho.

En el Presbiterio encontramos un retablo barroco, tallado a principios del siglo XVIII por Jerónimo Caballero y dorado en 1737 por el artista totanero, Silvestre Martínez Teruel. Este retablo precede al camarín, espacio donde se encuentra la imagen de Santa Eulalia y al que se accede por una pequeña escalera, cuyos muros están decorados con motivos vegetales.

Tras el muro del retablo y en la parte superior de la puerta de entrada a la escalera del camarín se encuentra representada la figura de San Francisco Javier.

De los dos altares que existen a ambos lados del Presbiterio, el de la Inmaculada acoge una hermosa talla, obra de autor desconocido. Está realizada con una delicada traza, en la que se perciben influencias de la escuela granadina.
En el altar de la izquierda estuvo colocado un lienzo representando el Entierro de Cristo (en la actualidad se puede contemplar en el museo del Santuario).
Los frontales de los altares del presbiterio son lienzos realizados con bastante probabilidad en el siglo XVIII. Es de destacar, por su finura y belleza, el correspondiente al altar mayor. La delicada moldura que lo enmarca es de una cuidada talla y exquisito dorado.
A ambos lados del retablo mayor se encuentran dos ángeles, a modo de atlantes. Aparecen envueltos en una decoración de rocallas y hojarasca.
Se cierra el Presbiterio con una cúpula, en cuyas pechinas aparecen representados: San Ginés de Arlés y la Virgen imponiendo la casulla a San Ildelfonso, a ambos lados del retablo y frente a ellas: la Virgen junto a la cruz con Santa Gertrudis y la Virgen llevando de la mano a Jesús Niño. Estas pinturas fueron realizadas, según reza su inscripción en 1774 y a devoción de los donantes que en ellas se refiere.